Jean-Michel Blanquer a créé un « Conseil national scientifique de l'Éducation nationale ». La présidence de ce conseil a été confiée à Stanislas Dehaene, professeur de psychologie cognitive au Collège de France. Sur les 21 membres qui composent ce conseil, six sont des chercheurs en sciences cognitives. Leur présence et la place faite aux neurosciences suscitent de nombreux débats. Dans Le Monde daté de jeudi 8 février, le psychanalyste Gérard Pommier explique que le « dévoiement des neurosciences profitera aux laboratoires pharmaceutiques », le professeur de psychologie du développement Olivier Houdé explique qu'il ne faudrait pas « céder à une vision trop scientiste et naïve, voire idéologiquement dangereuse », le philosophe Yves Charles Zarka dénonce le caractère « dangereux » des thèses de Stanislas Dehaene. Quant à Thomas Andrillon, docteur en neurosciences, il considère que « les sciences cognitives sont encore des sciences jeunes et fragiles ».

Dans ce contexte, comment ce Conseil peut-il apporter des réponses ou faire des propositions pour réussir la scolarisation des élèves avec des besoins particuliers, qu'ils soient handicapés ou simplement en difficulté scolaire ? Les tenants d'une approche sociale ou psychologique veulent peser dans un conflit parfois frontal avec les chercheurs en neurosciences.

Pour Franck Ramus, l'un des chantiers de ce conseil va être d'initier le monde de l'éducation à la culture scientifique : « C'est vrai que la culture scientifique n'est pas très implantée à l'Éducation nationale. Les acteurs du ministère n'ont pas, pour la plupart, une culture scientifique. La plupart des politique éducatives menées jusqu'à présent ont été très peu informées des données scientifiques qui existent sur le plan international ».